La patogenia de la Enfermedad Injerto Contra Huésped (EICH), se logra explicar de una forma que la hace ver sencilla. Las 3 fases en las que está representada, se explican a continuación. 

 

1. Fase aferente. Esta conlleva diversas etapas, que son: 

* Régimen de acondicionamiento: donde se producen daño a los tejidos y producción de citocinas pro-inflamatorias mediante tecnicas médicas como quimio y radioterapia, preparando al paciente para recibir la donación de progenitores hematopoyéticos.

* Inducción: en donde se da el inicio de la respuesta inmune, pues la APC del receptor se une al LcT del donador por el estimulo presentado ante la producción de citocinas.

* Expansión de LcT: Después del estímulo provocado por la unión de la APC con LcT, hace que estos proliferen.

2. Fase de reconocimiento: en la que las células inflamatorias son reclutadas y se marca el inicio de la inflamación.

3. Fase efectora: ya hay destrucción de células y tejidos por el aumento de citocinas.